Nell’ultima fase della guerra a Bologna la repressione tedesca nei confronti dei partigiani è caratterizzata da una violenza volutamente occultata e attuata verso prigionieri inermi. Si tratta di partigiani prelevati dal carcere giudiziario di San Giovanni in Monte, dove si trovano perché arrestati o rastrellati. Provengono sia dalle brigate cittadine che dalle formazioni della provincia, fra cui Malalbergo, Anzola, Sala Bolognese, Imola. L’Aussenkommando Sipo-SD (il comando delle forze della polizia di sicurezza e del servizio di sicurezza SS) di Bologna compie ripetuti eccidi tra febbraio, marzo, aprile 1945 nei pressi della stazione di San Ruffillo. In totale a San Ruffillo i nazisti compiono sei fucilazioni di massa: la prima il 10 febbraio 1945, poi il 20 febbraio, il 1°, il 2, il 16 e il 21 marzo 1945. Le esecuzioni di massa sono compiute in luoghi periferici della città.

Quella del 10 febbraio, è una delle maggiori stragi di detenuti politici fra quelle avvenute durante l’intero periodo di occupazione tedesca in Italia. L’ultimo episodio il 17 aprile del 1945, quando i tedeschi prelevano 39 detenuti che non risultano tra i deportati, né tra gli avviati a lavori di fortificazioni, né tra i sopravvissuti alla guerra dal carcere. Le 39 persone vengono uccise probabilmente in una località vicino a San Ruffillo sempre lungo il tracciato della linea ferroviaria. Sono tutti uccisi con modalità analoghe e cioè in un luogo isolato e dove fosse possibile occultare i loro corpi.  Le fucilazioni del 1945 rispondono ad una logica eliminazionista dove perdono la vita almeno 191 vittime identificate, in un momento in cui le truppe tedesche si preparano a lasciare la città e vogliono sbarazzarsi del più alto numero possibile di prigionieri, ebrei e avversari politici ancora nelle loro mani attraverso un sistematico svuotamento del carcere di San Giovanni in Monte.  Un’operazione feroce e sanguinosa condotta nell’assoluta riservatezza e senza suscitare reazioni. I corpi vengono gettati nei crateri prodotti dai bombardamenti alleati lungo i binari della stazione di San Ruffillo. L’opinione pubblica bolognese realizza solo dopo la liberazione di questi episodi di violenza. Il 25 settembre 1967, in memoria delle vittime degli eccidi, è stato realizzato un monumento che si trova oggi in piazza dei Caduti di San Ruffillo.